做纳豆的容器要无油，做好的纳豆先不要食用，放进一个密封容器里入冰箱里冷藏2小时后再食用。即后熟法。
纳豆虽好，但食用的方法和时间也要掌握好，纳豆在晚餐食用效果最好；凉吃；坚持每天吃；纳豆的保质期为一周，过了保质期虽然也能吃，但是纳豆菌的臭味会逐渐增加。
肾功能不好的人及痛风患者就不要食用了。